Durante el siglo XIII Arbizu pertenecía al valle de Aranaz. En la Alta Edad Media este valle estaba constituido por numerosos pueblos, entre ellos Araña, Maiza, Arrospide, Mundiñano y Sarria que estaban situados en los que hoy es término de Arbizu. Entre las muchas razones que explican la desaparición de todos esos pueblos, una de ellas es el estar situados entre Navarra y el Reino de Castilla, al igual que todas las tierras de los valles de Aranaz, Burunda y Arakil. El año 1200 Castilla se apoderó de las tierras de Gipuzkoa y Bizkaia, lo que creó una sensación de inseguridad muy grande por los ataques incesantes de las dos anteriores provincias. Para hacer frente a esa situación no tuvieron otro remedio que unirse, para lo que utilizaron los privilegios concedidos por el rey, además de levantar murallas. Según se cuenta, los habitantes de Arrospide y Araña bajaron a Arbizu, y los de Mundiñano y Maiza a Etxarri.

Durante el siglo XVI se le concedió la oportunidad de convertirse en villa, y se separó del valle de Aranaz. Durante el siglo XVIII, e incluso durante el XIX, la villa tenía un alcalde elegido por los vecinos y que era propuesto al virrey para su nombramiento. También había regidores cuyo cargo se renovaba todos los años. De cualquier manera, el valle de Aralar permaneció unido hasta el 1882, año en el que se separaron los pueblos que lo formaban: Etxarri Aranatz, Lizarraga, Dorrau, Unanu y Arbizu. No quedó más que el recuerdo histórico.

Durante la Guerra de la Independencia sufrió muchas pérdidas, sobre todo, después de la batalla de Gasteiz (1813), ya que los franceses, tras ser vencidos, arrasaron todo lo que encontraron en el camino de vuelta a casa. Durante la mitad de dicho siglo todavía podían verse los restos del desastre. En un documento de Madoz se dice que por aquellos años se veían hasta un total de 45 casas quemadas. Dicho documento nos da datos referentes a la producción agrícola de aquellos años. Al parecer utilizaban estiércol y hoja seca para abono, producían trigo, cebada, avena, maíz y habas, también cultivaban cáñamo y lino de gran calidad, legumbres y frutas. Criaban vacas, cerdos, caballos, ovejas y cabras. Cazaban liebres, conejos y perdices, y pescaban truchas y barbos. En cuanto a la industria, había dos molinos de harina, y dos ferrerías impulsadas por las aguas de una regata y que sólo trabajaban desde septiembre hasta abril, así como dos telares para hacer telas corrientes. En 1860 también existía una tejería. Aquel año Arbizu tenía 783 habitantes.